Johto liegt in Trümmern und die uns bekannte Welt näherte sich ebenfalls dem Ende. Pokemon wurden nur noch als reine genmanipulierte Kriegsmaschinen betrachtet und wurden von einer teuflischen Organisation für ihre Zwecke genutzt. Um die Zukunft zu verändern und ein Alternatives Zeitalter zu schaffen, reist Maik in die Vergangenheit um den Schurken frühzeitig das Handwerk zu legen. Die Zeit rinnt ihm durch die Finger wie Sand, sollte er Versagen könnte dies das Ende der Welt sein. Alleine wird er dem Druck nicht standhalten können.